In 1895 begonnen de boekverkoper Václav Laurin en de slotenmaker Václav Klement een fietsenfabriek, die in 1899 motorfietsen en in 1905 wagen's ging fabriceren. In 1925 fuseerde Laurin & Klement met de vervaardiger van spoorwegmateriaal Škoda. In 1945 ging de automobielfabriek autonoom verder met conservatie van de benaming en het beeldmerk.
De goede naam die het handelsmerk had opgebouwd, raakte Škoda kwijt in de jaren zeventig en tachtig want de technologie en gemak bij de jaren zestig waren blijven steken. In westelijk-Europa was de Škoda dan ook niet heel populair.
Het keerpunt kwam in 1987 toen de Škoda Favorit werd gelanceerd. Deze automobiel werd goed verkocht in Tsjechoslowakije en verschillende Oostbloklanden. De Favorit was ontworpen door het Italiaanse designhuis Bertone en had in contradictie tot de voorgaande Škoda's de aandrijving voorin. Het bewind probeerde door een bekende artdirector te contracteren de afzet van Škoda's in het buitenland op te krikken om zo meer buitenlandse valuta binnen te ontvangen. Omdat er echter dikwijls rekening gehouden moest worden met de gestandaardiseerde producten uit de fabrieken werd het concept flink aangepakt.
Na de ondergang van het IJzeren Gordijn werd het concern in 1989 geprivatiseerd. Door het wegvallen van de goedkope mankracht (door een amnestieregeling na de fluwelen revolutie) kreeg Škoda het alsmaar moeilijker en moest er naar een bondgenoot gezocht worden. In 1991 werd Škoda Auto daarom verkocht aan de Volkswagen Group. Sindsdien worden de Škoda's gebouwd op onderstel van Volkswagen en is van enkele modellen eveneens het koetswerk op Volkswagen-modellen gebaseerd. In de modellen van Škoda, na de aanvaarding door Volkswagen, kwamen naast de eigen Škoda aandrijvingen ook aandrijvingen van het moederconcern. Tot in enige gevallen alleen nog maar aandrijvingen van het Volkswagenconcern. Een voorbeeld zijn de 1.9TDI en 2.0 TDI aandrijvingen en Fsi aandrijvingen. Zo ligt de 200pk 2.0 TFSI aandrijving eveneens in de Golf V GTI als in de Škoda Octavia II RS.